Lebensraumzerstörung
Auch wenn inzwischen ein großer Teil der Laichgewässer durch eine entsprechende Naturschutzgesetzgebung vor der Zerstörung geschützt ist, ist doch die anthropogene Veränderung und Zerstörung von Amphibienlebensräumen nach wie vor ein wichtiger Gefährdungsfaktor. So sind zwar die großen, stabilen Laichgewässer geschützt, nach wie vor werden aber Klein- und Kleinstgewässer, die oft nicht ohne weiteres als Amphibiengewässer erkennbar sind (zum Beispiel Radspuren auf unbefestigten Waldwegen), unbeabsichtigt zerstört. Zu nennen ist in diesem Zusammenhang auch die Zerstörung von oft hochwertigen Lebensräumen in Abbaugebieten (Kiesgruben, Ziegeleien) durch "Rekultivierung".
Die immer noch anhaltende Intensivierung der Landwirtschaft kann sich in mehrfacher Hinsicht negativ auf Amphibien auswirken: der Kontakt mit mineralischem Dünger kann bei Trockenheit zu deutlichen Schäden an wandernden Amphibien bis hin zu letalen Verätzungen führen (HILL 1997, SCHNEEWEISS 1999, WOLF 1993), Ammoniumnitrat kann im Gewässer auf Laich letal wirken (BISHOP & GENDRON 1997); Mahd mit Kreisel- und Scheibenmäher kann bei niedrig eingestelltem Mähwerk zu hohen Verletzungsraten bei Amphibien führen (LICZNER 1999); Grabenunterhaltung kann, vor allem wenn sie zur Unzeit vorgenommen wird, zu massiven Beeinträchtigungen von wasserüberwinternden Amphibien führen (LRA RAVENSBURG 1995, LÖDERBUSCH 1994, NEGELE & SCHWEIGER 1992).
Durch die Beseitigung von Restflächen und Kleinstrukturen (Raine, Böschungen, kleine Senken im Grünland, Totholzanhäufungen, intakte Waldränder) werden Landlebensräume zerstört oder entwertet, ebenso durch Fichtenaufforstung von Grenzertragsflächen und die Umwandlung von lichten Laubwäldern in Nadelholzbestände.
Straßenverkehr
Die Gefährdung von Amphibien und anderen Tierarten durch den Straßenverkehr ist inzwischen durch eine fast unübersehbare Zahl von Veröffentlichungen belegt (ausführliche Bibliographie bei GLITZNER et al. 1999).
Die "effektive Maschenweite", also die durchschnittliche Größe der nicht von Straßen, Bahnlinien, Siedlungsflächen und größeren Flüssen zerteilten Flächen, beträgt im Bodenseekreis 3,82 km² (Landesdurchschnitt: 13,7 km²) , das entspricht einem Quadrat von knapp 2 km Seitenlänge (Landesdurchschnitt 3,7 km²). Wandernde Arten treffen also im Durchschnitt nach einem Kilometer auf die erste klassifizierte Straße. Die immer größere Fahrzeugdichte auf einem immer engmaschigeren Straßennetz führt zwangsläufig zu immer stärkeren Behinderungen des natürlichen Wanderungsgeschehens. Dies gilt vor allem für die Langstreckenwanderer Grasfrosch und Erdkröte, aber auch für nicht ortsgebundene Arten wie die Gelbbauchunke, deren Wanderungen zeitlich und räumlich nicht konzentriert, dementsprechend unauffällig und wenig untersucht sind.
Ein unauffälliges, aber im Einzelfall fatal wirkendes Detail sind Bordsteine, die in den letzten Jahren auch im (siedlungsnahen) Außenbereich zunehmend verwendet werden. Bordsteine hindern Amphibien, vor allem Jungtiere, am Verlassen der Straße, in vielen Fällen "leiten" sie die Tiere zum nächsten Gully, wo sie in den darunter hängenden Schlammeimer fallen und verenden (KAPLAN 1986, RATZEL 1993)
Fische in Laichgewässern
Bis auf die Erdkrötenlarven, die offenbar "nicht schmecken", werden alle anderen Amphibienlarven von Fischen gefressen, auch wenn Amphibien sich innerhalb gewisser Grenzen davor schützen können.
Stützung und Vergrößerung von Fischbeständen in Amphibienlaichgewässern aus fischereilichen oder angelsportlichen Gründen wirken sich deshalb zwangsläufig nachteilig auf den Amphibienbestand aus. So ist im Raum Basel der Fischbesatz von Laichgewässern ein wesentlicher Grund für den Rückgang des Laubfroschs (TESTER 1990); einige Amphibienarten wie die Gelbbauchunke meiden von sich aus Gewässer mit Fischbestand.
Vor allem in siedlungsnahen Gewässern ist zudem der unkontrollierte Eisatz von ausrangierten Aquarienfischen (Goldfische, Sonnenbarsche), die oft in neuangelegten Gewässern nach überraschend kurzer Zeit auftauchen, ein wichtiger Gefährdungsfaktor.
Auch nordamerikanische Schmuckschildkröten werden inzwischen häufig in Gewässern ausgesetzt, wenn sie ihren Besitzern zu groß geworden ist, im Ballungsraum Rhein-Ruhr ist sie inzwischen eine der häufigsten Reptilienarten; LAUFER (1997) fing aus einem Teich bei Achern/Baden 23 nordamerikanische Schmuckschildkröten.